全基因组测序比较分析不同耐甲氧西林金黄色葡萄球菌生物信息学特征Comparative analysis of different bioinformatics profiles of methicillin resistant Staphylococcus aureus using whole genome sequencing
尚伟,孙振威,代稳,魏晓杰,孙庆国,陈北方
摘要(Abstract):
目的 比较不同耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin resistant Staphylococcus aureus,MRSA)的全基因组序列,研究分析其生物信息学差异特征,为临床研究金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S.aureus)分子流行病学和致病机制提供材料。方法 应用高通量测序技术对临床分离的2株MRSA进行全基因组测序,并利用生物信息学工具对菌株序列进行耐药基因、多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)、葡萄球菌A蛋白(Staphylococcal protein A,SpA)基因分型、SCCmec(Staphylococcus cassette chromosome mec)分型和毒力因子等分子生物学特征分析。结果 菌株JP01和JP02染色体基因组大小、结构和功能相似;JP01为ST59-MRSA-SCCmec Iva-t437,主要耐药基因有ant6(Ia)、aph3'Ⅲ、mecA、blaZ、ermB、tetK,含9个毒力基因(aur、scn、hlgA、hlgB、hlgC、seb、sek、seq、sak);JP02为ST338-MRSA-SCCmec Vb-t437,主要耐药基因有ant6(Ia)、aph3'Ⅲ、mecA、blaZ、ermB、tetK、cat(pC233),含10个毒力基因(aur、scn、hlgA、hlgB、hlgC、seb、sek、seq、lukS-PV、lukF-PV);COG功能注释显示与生命基本功能的相关基因占优势。结论 获得了2株MRSA的全基因组序列数据和分子结构特征,JP02多携带氯霉素乙酰转移酶耐药基因cat(pC233)和潘顿-瓦伦丁杀白细胞素基因lukS-PV、lukF-PV,耐药性和致病力较强,为金黄色葡萄球菌的分子流行病学和致病性机制研究提供参考依据。
关键词(KeyWords): 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌;药敏试验;全基因组测序;生物信息学;耐药基因;毒力基因;毒力因子
基金项目(Foundation): 河南省医学科技攻关计划项目(LHGJ20210813)
作者(Author): 尚伟,孙振威,代稳,魏晓杰,孙庆国,陈北方
DOI: 10.13309/j.cnki.pmi.2025.03.009
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